在上世紀80年90年代初，香港市民如要乘過境巴士前往內地，例如廣州、江門等地，其中一個聚集點，是位於紅磡碼頭附近的粵港直通巴士總站。
粵港直通巴士總站是由粵港汽車運輸聯營有限公司興建及營運，在中國改革開放初期，該總站主要客源，是來自香港往中國內地經商、探親的市民。
隨著中港兩地人流交往，在1990年代越來越頻繁，原有的粵港直通巴士總站已不勝負荷。因此，當政府於柯士甸道香港童軍中心地下開設跨境巴士總站時，粵港巴士積極參與投標，並最終獲得柯士甸道跨境巴士總站經營權，於1998年9月9日啟用。
柯士甸道跨境巴士總站啟用後，原有的粵港直通巴士總站即時停用，並改作粵港巴士辦公室，停車場及維修車場用途。
