新皇崗口岸聯檢大樓已於2026年10月12日啟用，取代臨時邊檢設施。新大樓以多層設計，港深雙方在不同樓層分別設立內地及港方的清關、出入境及檢疫設施，以及公共運輸交匯處。
“合作查驗，一次放行”
皇崗口岸的「合作查驗」自助通道會同時以出示證件（「讀證」通關）及免出示證件（「刷臉」通關）兩種通關模式運作。「讀證」通關與現時一般香港e-道的使用方式相若，而「刷臉」通關是建基於「合作查驗」自助通道服務下的嶄新服務。
以下是旅客過關流程介紹：
(1) 香港往深圳
乘坐往皇崗口岸的短途跨境巴士(俗稱”跑狗”)，或者永東巴士大巴/豪華小車，由香港國際機場、香港迪士尼樂園、東涌東薈城直達皇崗口岸，又或者城巴、九巴、嶼巴跨境口岸路線(“B”線)，新界專線小巴路線44B、44B1、78、79S、616S的旅客，到達L2層港方口岸區公共運輸交匯處後，需坐扶手電梯或電梯到L5離境層，辦理”合作查驗，一次放行”出入境手續。
完成手續後，旅客可到B1-B4層乘坐的士、網約車，以及深圳地鐵7號線。
如果乘坐永東巴士豪華小車，由香港機場直達皇崗廣銀大廈的，可以到達L1層(港方區域)後帶齊行李落車到L1M層辦理過關手續，然後返回L1層深方區域上原本的車到達目的地。
(2) 深圳往香港
旅客到達新皇崗口岸聯檢大樓後，到L4層辦理過關手續後，可以到L2層港方口岸區乘坐永東巴士往香港國際機場、亞洲國際博覽館、香港迪士尼樂園、東涌東薈城，或者”跑狗”、跨境口岸路線(“B”線)、專線小巴路線。
由廣銀大廈、廊橋國際乘坐永東巴士的豪華小車往香港國際機場、亞洲國際博覽館、香港迪士尼樂園、東涌東薈城，可以坐車到L3層後帶齊行李落車到L3M層辦理過關手續，然後返回L3層港方口岸區上原本的車到達目的地。
有關皇崗口岸交通資料，可以瀏覽 https://www.gobybus.hk